Aby zapewnić bezpieczeństwo danych placówki, program Czesne ma możliwość wykonywania kopii zapasowej. Domyślnie kopia zapasowa wykonywana jest automatycznie przy zakończeniu pracy programu. Kopię zapasową można również wykonać na życzenie, wybierając z menu opcję Plik->Kopia danych.  

Plik kopii zapasowej jest zaszyfrowany i chroniony silnym hasłem. Odzyskanie danych z kopii zapasowej inaczej niż za pomocą programu Czesne jest praktycznie niewykonalne.